Perinnöllisiä sydänsairauksia voidaan tunnistaa kantasoluista tuotettujen sydänlihassolujen avulla

Tampereen yliopiston professorit Martti Juhola ja Katriina Aalto-Setälä osoittavat tuoreessa tutkimuksessaan, että tekoälyn ja koneoppimisen avulla voidaan paitsi erottaa sairaat sydänsoluviljelmät terveistä, myös erottaa toisistaan perinnöllisiä sydänsairauksia.

Indusoiduista monikykyisistä kantasoluista tuotetut sydänlihassolut voidaan jalostaa verinäytteestä tai ihobiopsiasta. Näitä soluja käytetään nykyisin tutkittaessa eri tautien patofysiologiaa ja kun pyritään tunnistamaan mahdollisia uusia lääkkeitä eri sairauksiin.

Koneoppiminen ja tekoäly ovat kehittyneet suuresti viime vuosina. Tampereen yliopiston tutkijat ovat nyt yhdistäneet kantasoluteknologiaa ja tekoälyä tutkittaessa sykkiviä sydänlihassoluja soluviljelmissä. Solujen sykkimistapaa analysoitiin kalsiumsignaalien avulla. Kalsium on välttämätöntä sydänlihassolujen sykkeelle, ja sykkimistä voidaan tarkastella fluoresoivien merkkiaineiden avulla.

Tutkimuksessa sydänlihassolut tuotettiin joko potilaista, joilla on perinnöllinen kammioperäinen rytmihäiriö (CPVT), perinnöllinen pitkä QT-oireyhtymä (LQTS) tai perinnöllinen paksuntava sydänlihassairaus (HCM) tai terveistä ihmisistä. Yksittäisten sydänlihassolujen syke tallennettiin ja analyysiohjelma opetettiin tunnistamaan, mitä sydänsairautta tietyn tyyppinen syke merkitsi. Tietokoneohjelma oppi sen jälkeen tunnistamaan eri sairausryhmät ja tunnistamaan jokaisen solun sykkeelle ominaiset piirteet.

Tietokoneohjelma pystyy nyt erottamaan, ovatko solujen signaalit peräisin ihmiseltä, jolla on sairautta aiheuttava mutaatio vai terveeltä ihmiseltä. Jo tämä on hyvin merkittävää, mutta tutkijoiden suurin yllätys oli, että ohjelma pystyi myös erottamaan sairaudet toisistaan.

Tämä tärkeä havainto osoittaa, että indusoituja monikykyisiä kantasoluja ja tekoälyä voitaisiin käyttää diagnostiikassa. Nykyisin perinnöllisiä sairauksia diagnosoidaan pääasiassa DNA-analyysin avulla, mutta monissa tapauksissa tulokset eivät kerro, onko DNA-muutos sairauden todellinen syy vai onko kyseessä muu harmiton muunnos. Uusi löydös osoittaa, että yhdistämällä tekoälyä ja koneoppimista voidaan saada apua näihin tilanteisiin. Teknologioiden yhdistelmää voitaisiin käyttää myös epätyypillisten mutta vakavien sydänlöydösten taustalla olevien sairauksien tunnistamiseen.

Artikkeli Scientific Reports -lehdessä

Lisätietoja:
Tietojenkäsittelyopin professori Martti Juhola, 040 190 1716, martti.juhola@uta.fi
Fysiologian professori Katriina Aalto-Setälä, 040 582 9567, katriina.aalto-setala@uta.fi

TAMPEREEN YLIOPISTON TIEDOTE 19.6.2018

Tech4Dogs – Suomalainen koirateknologia nousuun ja maailmalle!

Teksti: Roosa Raiskio, Sanna Rytövuori ja Elina Vulli
Kuvat: Roosa Raiskio

Tech4Dogs, Suomen ensimmäinen yrityksille suunnattu koirateknologian verkostoitumistapahtuma järjestettiin Helsingissä keskiviikkona 30.5.2018. Täyteen varatussa tapahtumassa toisensa tapasivat yli 100 toimijaa yli 70 organisaatiosta. Päivän tarkoituksena oli auttaa kasvuhakuisia yrityksiä löytämään bisneskumppaneita ja näin vauhdittaa suomalaisen koirateknologian nousua. Yritysväki pitikin tapahtumaa erittäin onnistuneena ja ajankohtaisena. Myös Ylen aamu-tv huomioi tapahtumamme. Pääset lukemaan jutun ja katsomaan professori Mikko Ruohosen tv-esiintymisen seuraavasta linkistä: https://yle.fi/uutiset/3-10229630

Nykyaikaiselle koirateknologialle on kysyntää. CIRCMIn toteuttaman suomalaisten koiranomistajien kyselyn perusteella 40 % vastanneista on kiinnostunut ostamaan koiralleen aktiivisuus- tai hyvinvointimittarin seuraavien kolmen vuoden aikana. Vastaavasti puolet koiranomistajista on kiinnostunut käyttämään online-eläinlääkäriä videoyhteydellä. Koiran käyttäytymistä ja hyvinvointia seuraavaa kännykkäsovellusta omistajat haluaisivat käyttää etenkin koiran yksinolon ja käytösmuutosten (esim. kiputilat) seuraamiseen, ja toisaalta kehittyäkseen paremmiksi koiranomistajiksi.

Tech4Dogs-tapahtumassa uusimmista tuulista kertoivat mm. biohakkeri Teemu Arina, futuristi Elina Hiltunen, Anaxeos-älymittarin kehittäjä Toni Koutu, etäeläinlääkäripalvelun lanseeraaja Heidi Elomaa ja somejulkkis Seppo-koiran isäntä Petteri Poukka, sekä monet muut puhujat. Todellista koiranäkökulmaa tapahtumaan toi demokoira Leija, joka esitteli aktiivisuusmittareita kiinnostuneille vieraille. Lisää tapahtumasta voit lukea täältä.

Tech4Dogs-verkostoitumistapahtuman järjesti Turre & Toivoset 2.0: Varustelusta vuorovaikutukseen -tutkimushanke, jonka tavoitteena on tutkia ja kehittää teknologiaa sekä rakentaa lemmikkieläinten omistajille tarjottavien älykkäiden ratkaisujen ympärille suomalainen liiketoimintaekosysteemi. Hankkeessa kuonot käännetään kohti teknologiaa, joka vie koirien hyvinvoinnin mittaamisen älykkäämmälle tasolle, tukee ihmisen ja koiran vuorovaikutusta sekä helpottaa koiraperheiden arkea digipalveluilla.

Tampereen yliopistosta mukana ovat konsortion johtaja ja professori Mikko Ruohosen CIRCMI – Research on Information, Customer, and Innovation Management, ja professori Veikko Surakan ESC – Research Group for Emotions, Sociality, and Computing. Myös Tampereen teknillinen yliopisto ja Helsingin yliopisto ovat mukana hankkeessa. Projektia rahoittavat Business Finland (ent. Tekes) sekä yliopistot. Tutkimushankkeen rinnalla omia yrityshankkeitaan vievät eteenpäin Vetcare Oy Mäntsälästä ja Best Friend Group Oy Kuopiosta. Lisäksi hankkeen toteutusta tukee kymmenkunta suomalaista lemmikkialan organisaatiota kuten SmartDOG, Kaunila, Suomen Agilityliitto, Eläinklinikka EHYT, Petsofi, FitDog Finland, Three Plus Group ja Lymed.

Tech4Dogsissa oli mahdollista kokeilla katseenseurantalaitetta ja verrata, mihin ihmisen katse kohdistuu verrattuna koiran katseeseen. Koehenkilönä Riku Liski, jota opastaa tutkijatohtori Mirja Ilves.

Tutkijatohtori Heli Väätäjä ja demokoira Leija esittelivät koirille suunnattuja mittauslaitteita ja niiden toimintaa käytännössä.

Demokoira Leija ja Nao-robotti tutustuvat toisiinsa.

Kurssipalautetilaisuuksia touko-kesäkuussa/Course feedback meetings in May and June

Matematiikan ja tilastotieteen ja tietojenkäsittelytieteiden tutkinto-ohjelma järjestävät kurssipalautetilaisuuksia (kevään 2018 kurssit) tutkinto-ohjelman opettajille ja opiskelijoille:

  • Matematiikka ja tilastotiede ke 30.5. klo 10-11.30, Pinni B0016
  • CBDA (engl.kielinen tilaisuus) ke 30.5. klo 12.45-13.45, Pinni B0016
  • Tietojenkäsittelytieteiden kandidaattiohjelma torstaina 7.6. klo 13.15- Pinni B1029-30
  • Tietojenkäsittelyopin maisteriopinnot (TIM) keskiviikkona 6.6. klo 14.15. Pinni B1029-30
  • Software Development (engl. kielinen tilaisuus)  ti 5.6. klo 14-16, Pinni B1029-30

Tervetuloa!

Koulutuksen kehittäminen luonnontieteiden tiedekunnassa/palautejärjestelmä kuvattu Opiskelun oppaassa

Course feedback meetings for teachers and students – Spring 2018 courses

  • Mathematics and Statistics degree programme (in Finnish) Wed 30.5. at 10-11.30, Pinni B0016
  • CBDA (in English) Wed 30.5. at 12.45-13.45, Pinni B0016
  • Computer Sciences, bachelor’s level courses (in Finnish) Thu 7.6. at 13.15- Pinni B1029-30
  • Computer Science (TIM) , advanced courses in Finnish Wed 6.6. at 14.15. Pinni B1029-30
  • Software Development (in English) Tue 5.6. at 14-16, place Pinni B1029-30

Welcome!

Educational Development and feedback system in the Faculty of Natural Sciences is described in the Study Guide

Kesäopinnot / Summer Studies in LUO

Matematiikan ja tilastotieteen sekä tietojenkäsittelytieteiden kesäopinnot on päivitetty opiskelun oppaaseen

Tilastotieteen sekä tietojenkäsittelytieteiden opintoja myös Tampere Summer School 2018 -tarjonnassa

Summer studies offered by degree programmes in the Faculty of Natural Sciences are now in the Study Guide

Some studies in Statistics and Computer Science also in Tampere Summer School 2018, see

Computer Science Summer school in July in Chengdu, China / Kesäkoulu tietojenkäsittelijöille heinäkuussa Kiinassa

Hei tietojenkäsittelytieteiden opiskelija, alla mielenkiintoinen oman alan kesäkoulu Kiinassa. Jos olet osallistunut LUO-kahveihin tämän kevään aikana, tämä on juuri se kesäkoulu josta on ollut puhetta.

Dear Computer Sciences student, please find below info on a computer science Summer School in Chengdu, China. All non-Chinese UTA computer sciences students may apply.

University Immersion Program (UIP)

Topic: International Summer School in Computer Sciences with teachers and students from all over the world
Time: 8-17 July 2018
Application deadline at UTA: 9 April 2018 (selected students will have to submit an application to SCU a few days after this deadline)
How to apply: send an email message to Kirsi Tuominen at kirsi-marja.tuominen@uta.fi by 9 April, giving your short cv on studies and work experience, motivation for attending the UIP, and your contact information
Organiser: College of Software Engineering, Sichuan University (SCU), Chengdu, China
Expenses: Sichuan University will cover the domestic flights in China and accommodation, insurance and exchanging activities in Chengdu

More information: see https://drive.google.com/drive/folders/1YzQ5J_HdeodQGTa_MbHHTnb3OGDj46ZH

Lisätietoja
Kirsi Tuominen, kirsi-marja.tuominen@uta.fi

LUO-kahvit ke 14.3. klo 13.45/ LUO coffee on Wed 14th March at 13.45

LUO-kahvit ke 14.3. klo 13.45 Olohuoneessa B1029-30.

Vietämme LUO-kahvien alussa hiljaisen hetken professori Erkki Mäkisen muistolle.

Kahveilla on vieraana Maarit Moberg TaY:n yhteisistä opintopalveluista ja teemana saavutettavuusasiat. Lisäksi tuttuun tapaan muuta ajankohtaista, kuten katsaus SummerSchool-tarjontaan.

Tervetuloa!

 

Matematiikan ja tilastotieteen tutkinto-ohjelman kurssipalautetilaisuus

Matematiikan ja tilastotieteen kurssipalautetilaisuus (syksyn 2017 kurssit) tutkinto-ohjelman opettajille ja opiskelijoille pidetään ke 21.2. klo 14-15.
Paikka: Pinni B, B1065

Tervetuloa!

Koulutuksen kehittäminen luonnontieteiden tiedekunnassa/palautejärjestelmä:
http://www2.uta.fi/opiskelunopas/perustietoa/opiskelu-yliopistossa/laatu-opiskelijan-nakokulmasta/luonnontieteet

 

LUO-kahvit ke 14.2. klo 13.45 /LUO coffee on Wed 14th Feb at 13.45

Ystävänpäivän LUO-kahvit ke 14.2. klo 13.45 Olohuoneessa B1029-30.

Kahveilla on mm. ajankohtaiskatsaus Tre3 tilanteeseen, kurssipalauteasioihin, kevään tärkeitä päivämääriä ja muuta ajankohtaista asiaa.

Tervetuloa!

LUO student-staff coffee is served on Wed 14th February at 13:45 in living room Pinni B1029-30.

We discuss about topical subjects like Tampere3, course feedback and important spring term dates.

Tietojenkäsittelytieteiden kurssipalautetilaisuudet – CS Course feedback meetings

Tietojenkäsittelytieteiden kurssipalautetilaisuudet (syksyn 2017 kurssit) tutkinto-ohjelman opettajille ja opiskelijoille pidetään seuraavasti:

  • kandidaattiohjelma torstaina 1.2. klo 14.15- Pinni B3107,
    • 1. vuoden jaksot klo 14.15-
    • 2. ja 3. vuoden jaksot klo 15.15-
  • tietojenkäsittelyopin maisteriopinnot (TIM) perjantaina 2.2. klo 10.15- Pinni B1029-30,
  • Master’s degree programme in Software Development (SDE), maanantaina 29.1. klo 14.30- Pinni B2085,
  • Master’s degree programme in Computational Big Data Analytics (CBDA), ilmoitetaan myöhemmin

Tervetuloa! Welcome!

Degree programme in Computer Sciences arranges course feedback meetings (fall term 2017 courses) for the programme teachers and students:

  • Bachelor’s degree programme: Thursday 1st Feb at 14.15 PInni B3107
    • 1st year courses at 14.15- and
    • 2nd and 3rd year courses at 15.15-
  • Master’s degree programme in Computer Science (TIM): Friday 2nd Feb at 10.15- Pinni B1029-30
  • Master’s degree programme in Software Development (SDE): Monday 29th Jan at 14.30- in Pinni B2085
  • Master’s degree programme in Computational Big Data Analytics (CBDA), TBA

Introduction of a new university teacher

Nurudeen Adeniyi Alimi was born on the 4th of April 1981 in Ibadan, Nigeria. He finished higher national diploma in mechanical engineering from the Polytechnic Ibadan, in 2002. He later obtained bachelor of Agriculture with specialization in Agronomy from University of Ibadan in 2005. He worked briefly as chief operating officer at Suhulat Digital System before proceeding to Universiteit Hasselt in Belgium where he bagged two masters’ degrees in applied statistics and Biostatistics in 2009. He worked as a research assistant at L’Institut National de la Recherche Agronimique (INRA), Avignon, France. Because of his desire to bridge the gap in his agronomy and statistics degrees, he opted for PhD in plant breeding and statistical genetics at Wageningen University. He has attended several conferences, seminars and short courses on statistical modelling, plant breeding and analysis of ‘omics’ data. Nurudeen was involved in teaching advanced statistics course for MSc students at Wageningen University and statistical genetics at Pan African University, Nigeria. He can be reached at Nurudeen.Alimi@uta.fi or magajinurudeen@gmail.com.